Non si conosce esattamente la data in cui Amelia divenne Comune, è storicamente accertato tuttavia che la città combatté una guerra di comuni a fianco di Todi e Foligno contro Perugia, Orvieto e Gubbio nel 1065. Pertanto si può affermare che all’epoca la città aveva una consistente organizzazione comunale. Preposti alla reggenza del Comune erano i Consoli (due o quattro), che venivano eletti tra gli uomini più rappresentativi della città. Nel 1208 innanzi all’Abbazia di San Secondo fu stipulato un trattato di pace con Todi, che questa ultima interpretò come una vera e propria sottomissione della città, il cui controllo sarebbe stato determinante per allontanare l’ingerenza di Orvieto, suo acerrimo nemico. Nell’ambito della lotta tra Papato ed Impero la città di Amelia, a causa della propensione nei confronti della Chiesa, subì nel 1240 un saccheggio ad opera delle truppe di Federico II. Seguì la decadenza del Comune e il suo coinvolgimento nelle dispute tra Guelfi e Ghibellini.
Intorno alla metà del XIV la politica della città fu influenzata dal Cardinale Egidio di Albornoz, il quale riuscì a togliere diversi gravosi oneri che Amelia aveva nei confronti di Todi ed operò ritocchi alla Riformanze conservate nell’archivio storico comunale insieme agli altri codici e agli Statuti, esempi di arte legislativa che dimostrano quanto fosse reso funzionale l’ordinamento comunale. Tra la fine del XIV e l’inizio del XV secolo Amelia incappò in un periodo di tremenda carestia, i cui effetti furono aggravati dai tributi imposti da Roma. L’11 novembre 1417 fu eletto Papa il Cardinale Ottone Colonna (Martino V), il quale avendo frequentato Amelia confermò i suoi privilegi verso la città la quale, da ciò confortata, iniziò a riprendersi. Nel 1426 San Bernardino da Siena predicò in Amelia contro la bestemmia e l’usura. Amelia, pur condizionata essenzialmente dallo Stato della Chiesa, continuava con alacrità a difendere i criteri di autonomia e di libertà comunale, incoraggiata dagli auspici di un illustra amerino, Mons. Angelo Geraldini. Nel 1476 Papa Sisto IV, allontanandosi da Roma dove infieriva la peste, fu ospitato ad Amelia dai Geraldini.